组织方式不同、议会的职权不同、国家元首在国家政治生活中的地位和作用不同。
1、组织方式不同：在内阁制下，政府（内阁）一般由议会中（两院制议会中，一般指众议院）占多数席位的政党或政党联盟来组织；在总统制共和制下，政府成员由当选的总统任命并领导。
2、议会的职权不同：内阁制下的议会不仅具有立法、监督政府和决定财政预算等权力，还具有组织政府的权力；总统制共和制下的议会仅具有一般议会所拥有的立法、监督政府和决定财政预算等权力，而没有组织政府的权力。
3、国家元首在国家政治生活中的地位和作用不同：内阁制下，作为国家元首的总统，只拥有虚位没有实权；在总统制共和制下，总统既是国家元首，也是政府首脑，掌握行政实权。