迟到，属于缺勤，只是缺勤的时间较短，迟到的时间没有劳动，不发给报酬符合法律规定。无正当理由迟到，因为迟到导致用人单位经济损失的，劳动者还应当赔偿损失。
对迟到工资的具体扣发，法律没有明确规定，可由用人单位依法制定的规章制度规定。
对于公司规定迟到一分钟5块钱是否合法的问题，如果该公司的规章制度中，有迟到罚款这样的规定，且该公司的规章制度是经过民主程序制度，即制定颁布程序是合法，只要罚款的数额不超过法律规定的必要限度，就是合法的。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》第九十一条用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。