焚书并非始于秦始皇，早在秦之前，便有焚书。秦始皇焚书，起因并非因为儒生反对他，儒家本以投靠权势侍奉君主为本能，以歌功颂德取悦于君主为本领。但有一位儒生对这位新发迹的君主“尽忠”太急切了，要秦始皇效法古人，分封他的儿子到各地为王，像周朝那样有千年的江山。这正犯了秦始皇的大忌，是对秦始皇立国精神的挑战。
秦始皇便采纳了李斯的建议，下令毁掉儒书，超过六十天仍不焚毁的，处以黥刑，罚做苦工。两个人以上谈论儒书的，一律处决，凡“是古非今”的，全部斩首。但政府图书馆收藏，供博士们研究的儒书、其它学派的著作、医书、卜卦、种树的书，不在焚烧之列。目的是限制崇古思想的传播。儒家要回到过去，秦始皇则要面向未来，这便成为必然的矛盾。