有三种不同的说法：
1、是“秦二世的侄子”，《秦始皇本纪》：“立二世之兄子公子婴为秦王” ，这种说法认为“兄子”即兄长的儿子；
2、是“秦始皇之弟”，《李斯列传》：“高自知天弗与，群臣弗许，乃召始皇弟，授之玺，子婴即位，患之，乃称疾不听事，与宦者韩谈及其子谋杀高” ；
3、是“秦二世的兄长”，这一派认为《秦始皇本纪》的有关章句应该理解为：“立二世之兄、子婴为秦王” 。
从东汉班固一直到近、现代修订出版的《辞海》和《辞源》，多采用第一种说法，又指子婴是二世长兄扶苏的儿子，亦有论者支持第二说，论点包括： 子婴的遭遇、才干及影响力并非任何属秦二世同辈或后辈者所能企及，《秦始皇本纪》中叙述子婴与“其子二人”谋杀赵高，推断子婴年龄不当为秦始皇孙 。